Durante la Segunda Guerra Mundial, Laguna de Truk sirvió como anclaje para la Flota Japonesa Imperial. El lugar fue considerado como el mejor de todas las zonas fuertes japonesas en el Pacífico. En las distintas islas, los Departamento de Ingeniería Civil y el Departamento de Construcción Naval Japoneses habían construido carreteras, trincheras, búnkeres y cuevas, cinco pistas de aterrizaje, bases de hidroaviones, talleres de reparación de submarinos, un centro de comunicaciones y una estación de radar. Estas instalaciones eran protegidas por la defensa costera y emplazamientos de mortero. En la laguna se pudieron ver los gigantes acorazados de la Armada Imperial Japonesa, portaaviones, cruceros, destructores, buques cisterna, buques de carga, remolcadores, buques de guerra, dragaminas, lanchas de desembarco y submarinos. Algunos lo han descrito como el equivalente en Japón de Pearl Harbor. Tras el ataque a Pearl Harbor, el alto comando estadounidense no estaba satisfecho, y desde el primer momento deseó vengar el hecho atacando la mayor base de operaciones japonesa en el pacífico. Esta sería hallada en el lago Truk, lugar en el cual la Armada Imperial Japonesa tenía una enorme base de operaciones que utilizaban no solo para reparar su flota, sino que además servía como principal punto logístico de varias operaciones en la región.
Su deseo de venganza se cumpliría el 17 de Febrero de 1944.Truk fue aislada por Aliadas (principalmente EE.UU.) fuerzas a medida que continuaron su avance hacia Japón con la invasión de otras islas del Pacífico, como Guam, Saipan, Palau, e Iwo Jima. Japón se rindió en agosto de 1945. (Stewart, 1986) En 1969, el famoso francés oceanógrafo Jacques Cousteau y su equipo exploran Truk Lagoon. En 1971 Cousteau rueda un documental de televisión acerca de la laguna y sus restos fantasmales, el lugar se convirtió en un paraíso del buceo, un lugar de obligada visita para los aficionados de todo el mundo que querían ver prácticamente intactos numerosos barcos hundidos. Dispersos principalmente en torno a la Dublon, Eten, Fefan y Umán islas Truk dentro del grupo, algunos de los naufragios se encuentran en aguas cristalinas a menos de quince metros por debajo de la superficie.
En las aguas carentes de las corrientes oceánicas normales, los buceadores pueden fácilmente cruzar a nado las cubiertas llenas de máscaras de gas y cargas de profundidad y debajo de la cubierta se pueden encontrar numerosos restos humanos. En los inmensos barcos de las bodegas hay filas y filas de aviones de combate, tanques, excavadoras, carros de ferrocarril, motocicletas, torpedos, minas, bombas, cajas de municiones, radios, además de miles de otras armas, piezas de repuesto, y otros artefactos. De especial interés es el naufragio del submarino I-169 Shinohara que se había perdido cuando se bucea para evitar los bombardeos. El submarino había sido parte del ataque a Pearl Harbor.Las incrustaciones de coral en los pecios atraen a una diversa gama de vida marina, incluyendo manta-rayas, tortugas, tiburones y corales. En 2007, 266 especies de peces de arrecife fueron grabados por una Earthwatch equipo y en 2006 el raro coral Acropora pichoni fue identificado.